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有物理方法，化学方法及生物方法，但生物方法利用生物因子去除病原体，作用缓慢，而且灭菌不，一般不用于传染疫源地消毒，故消毒主要应用物理及化学方法。
物理消毒法
1．机械消毒一般应用肥皂刷洗，流水冲净，可手上绝大部分甚至全部细菌，使用多层口罩可防止病原体自呼吸道排出或侵入。应用通风装置过滤器可使手术室、实验室及隔离病室的空气，保护无菌状态。
2．热力消毒包括火烧、煮沸、流动蒸气、高热蒸气、干热灭菌等。能使病原体蛋白凝固变性，失去正常代谢机能。
（1）火烧 凡经济小的污染物，金属器械和尸体等均可用此法。简便经济、效果稳定。
（2）煮沸 耐煮物品及一般金属器械均用本法，100℃1～2分钟即完成消毒，但芽胞则须较长时间。炭疽杆菌芽胞须煮沸30分钟，破伤风芽胞需3小时，肉毒杆菌芽胞需6小时。金属器械消毒，加1～2%碳酸或0.5%软肥皂等碱性剂，可溶解脂肪，增强杀菌力。棉织物加1%肥皂水15l/kg，有消毒去污之功效。物品煮沸消毒时，不可过容积3/4，应浸于水面下。注意留空隙，以利对流。
（3）流动蒸气消毒 相对湿度80～，温度近100℃，利用水蒸气在物何等表面凝聚，放出热能，杀灭病原体。并当蒸气凝聚收缩产生负压时，促进外层热蒸气进入补充，穿至物品深处，加速热量，促进消毒。
（4）高压蒸气灭菌(湿热灭菌） 通常压力为98.066kPa，温度121～126℃，15～20分钟即能杀灭细菌芽胞，适用于耐热、潮物品。
（5）干热灭菌 干热空气传导差，热容量小，穿透力弱，物体受热较慢。需160～170℃，1～2小时才能灭菌。适用于不能带水份的玻璃容器，金属器械等。
不同病原体的热耐受力，以热死亡时间表达。
3．辐射消毒有非电离辐射与电离辐射二种。前者有紫外线，红外线和微波，后者包括丙种射线的高能电子束（阴射线）。红外线和微波主要依靠产热杀菌。电离辐射设备昂贵，对物品及人体有一定伤害，故使用较少。应用较多为紫外线，可引起细胞成份、特别是核酸、原浆蛋白和酸发生变化，导致微生物死亡。紫外线波长范围2100～3280A，杀灭微生物的波长为2000～3000A，以2500～2650A作用较强。对紫外线耐受力以真菌孢子较强，细菌芽胞次之，细菌繁殖体较弱，仅少数例外。紫外线穿透力差，3000A以下者不能透过2mm厚的普通玻璃。空气中尘埃及相对湿度可降低其杀菌效果。对水的穿透力随深度和浊度而降低。但因使用方便，对药品无损伤，故广泛用于空气及一般物品表面消毒。照射人体能发生皮肤红斑，紫外线眼炎和臭氧中毒等。故使用时人应避开或用相应的保护措施。
日光曝晒亦依靠其中的紫外线，但由于大气层中的散射和吸收使用，仅39%可达地面，故仅适用于耐力低的微生物，且须较长时间曝晒。
此外过滤除菌除实验室应用外，仅换气的建筑中，可采用空气过滤，故一般消毒工作难以应用。
（二）化学消毒法
根据对病原体蛋白质作用，分为以下几类。
1．凝固蛋白消毒剂 包括酚类、酸类和醇类。
（1）酚类 主要有酚、来苏、六氯酚等。具有特殊气味，杀菌力有限。可使纺织品变色，橡胶类物品变脆，对皮肤有一定的刺激，故除来苏外应用者较少。
苯酚（石炭酸）（carbolic acid）：无色结晶，有特殊臭味，受潮呈粉红色，但消毒力不减。为细胞原浆毒，对细菌繁殖型1：80～1：110溶液，20℃30分钟可，但不能杀灭芽胞和抵抗力强的病毒。加肥皂可皂化脂肪，溶解蛋白质，促进其渗透，加强消毒效应，但毒性较大，对皮肤有刺激性，具有恶臭，不能用于皮肤消毒。
来苏（煤酚皂液）（lysol）：以47.5%甲酚和皂配成。红褐色，易溶于水，有去污作用，杀菌力较石炭酚强2～5倍。常用为2～5%水溶液，可用于喷洒、擦试、浸泡容器及洗手等。细菌繁殖型10～15分钟可杀灭，对芽胞效果较差。
六氯酚为双酚化合物，微溶于水，易溶于醇、酯、醚，加碱或肥皂可促进溶解，毒性和刺激性较少，但杀菌力较强。主要用于皮肤消毒。以2.5～3%六氯酚肥皂洗手可减少皮肤细菌80～90%，有报告可产生神经损害，故不宜长期使用。
（2）酸类 对细菌繁殖体及芽胞均有杀灭作用。但易损伤物品，故一般不用于居室消毒。5%可消毒洗涤食具，水果，加15%食盐于2.5%溶液可消毒皮毛及皮革，10l/kg加热30℃浸泡40小时。乳酸常用于空气消毒，100m3空间用10g乳酸熏蒸30分钟，即可葡萄球菌及流感病毒。
（3）醇类 （酒精）（ethyl alcohol）75%浓度可杀灭细菌繁殖型，对一般病毒作用较慢，对肝炎病毒作用不肯定，对真菌孢子有一定杀灭作用，对芽胞无作用。用于皮肤消毒和体温计浸泡消毒。因不能杀灭芽胞，故不能用于手术器械浸泡消毒。异丙醇(isopropylalcohol)对细菌杀灭能力大于，经肺吸收可导致麻醉，但对皮肤无损害，可代替应用。
2．溶解蛋白消毒剂 主要为碱性药物，常用有氢氧化、石灰等。
（1）氢氧化 白色结晶，易溶于水，杀菌力强，2～4%溶液能杀灭病毒及细菌繁殖型，10%溶液能杀灭结核杆菌，30%溶液能于10分钟杀灭芽胞，因腐蚀性强，故少使用，仅用于消灭炭疽菌芽胞。
（2）石灰（CaO）遇水可产生高温并溶解蛋白质，杀灭病原体。常用10～20%石灰乳消毒排泄物，用量须2倍于排泄物，搅拌后作用4～5小时。20%石灰乳用于消毒炭疽菌污染场所，每4～6小时喷洒一次，连续2～3次。刷墙2次可杀灭结核芽胞杆菌。因性质不稳定，故应用时应新鲜配制。
3．氧化蛋白类消毒剂 包括含氯消毒剂和过氧化物类消毒剂。因消毒力强，故在医疗防疫工作中应用较广。
（1）漂白粉应用较广。主要成分为次氯酸钙[Ca(ClO)2，含有效25～30%，性质不稳定，可为光、热、潮湿及CO2所分解。故应密闭保存于阴暗干燥处，时间不过1年。有效成份次氯酸可渗入细胞内，氧化细胞酶的硫氢基因，破坏胞浆代谢。酸性环境中杀菌力强而，高浓度能芽胞，粉剂中用于粪、痰、脓液等的消毒。每升加干粉200克，搅拌均匀，放置1～2小叶，尿每升加干粉5克，放置10分钟即可。10～20%乳剂除消毒排泄物和分泌物外，可用以喷洒厕所，污染的车辆等。如存放日久，应测实际有效氯含量，校正配制用量。漂白粉精的粉剂和片剂含有效氯可达60～70%，使用时可按比例减量。
（2）氯胺—T（chloramine T） 为氯消毒剂，含有效氯24～26%，性较稳定，密闭保持1年，仅丧失有效氯0.1%。微溶于水（12%），刺激性和腐蚀性较小，作用较次氯酸缓慢。0.2%1小时可杀灭细菌繁殖型，5%2小时可杀灭结核杆菌，杀灭芽胞需10小时以上。各种铵盐可促进其杀菌作用。1～2.5%溶液对肝炎病毒亦有作用。活性液体须用前1～2小时配制，时间过久，杀菌作用降低。
（3）二氯异氰尿酸(sod．dichlorisocynurate)又名优氯净，为应用较广的氯消毒剂，含氯60～64.5%。具有高效、广谱、稳定、溶解度高、毒性低等优点。水溶液可用于喷洒、浸泡、擦沫，亦可用干粉直接消毒污染物，处理粪便等排泄物，用法同漂白粉。直接喷洒地面，剂量为10～20g/m2。与多聚甲醛干粉混合点燃，气体可用熏蒸消毒，可与92号混凝剂（羟基氯化铝为基础加铁粉、硫酸、等合成）以1：4混合成为“遇水清”，作饮水消毒用。并可与磺酸配制成各种消毒洗涤液，如涤静美，优氯净等。对肝炎病毒有杀灭作用。
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